قسم معالجة مياه هو أحدث الأقسام في شركة مصنع الوطنية ، برؤية تستند على أعلى معايير ضبط الجودة والالتزام بالمعايير البيئية المطلوبة .
يختص القسم بتقديم حلول جذرية لمعالجة المياه سواء كانت مياه الصرف الصحي أو أي مياه تحتوي على أي نوع من الشوائب ويعد كذلك حل إقتصادي يعود نفعه على المستخدمين . ويعتمد القسم على تكنلوجيا المعالجة البيولوجية في تنقية مياه الصرف الصحي ، وتصنيع وحدات STP بقدرات انتاجية تصل الى 300 ً متر مكعب يوميا بمواصفات مختلفة